10.991. La planète Arrakis (Dune), couverte de déserts, est la seule source de l'épice, un mélange qui prolonge la vie, ouvre la conscience et permet de voyager dans l'espace et le temps.

L'Empereur Shaddam IV contrôle à la fois le commerce de l'épice et les intérêts des planètes qui en dépendent, sous la direction de l'Etre Suprême. L'Empereur ordonne au clan des Atreides, dirigé par le duc Leto, d'administrer Dune, à la place de son précédent gouverneur, le baron Vladimir, chef des Harkonnen.

Il s'agit en fait d'un double complot : entre l'Empereur et les Harkonnen pour détruire les Atreides, et du neveu de Vladimir, Feyd Rautha, qui espère détrôner l'Empereur lui-même.

Dès que Leto, son fils Paul et sa concubine Jessica atterrissent sur Dune, les trahisons se succèdent. Leto est assassiné, mais Paul et Jessica parviennent à s'enfuir. Ils sont recueillis par les Fremen, de mystérieux nomades du désert. Grâce à l'épice, les talents mystérieux de Paul se développent et il comprend la conspiration interplanétaire qui s'est tramée sur quatre-vingt-dix générations pour produite un surhomme.

Paul est proclamé messie par les Fremen ; il est destiné à mener une guerre sainte qui redonnera à Dune sa fertilité. Sous sa conduite, les Fremen partent alors au combat sur de gigantesques vers des sables.

Une fois Harkonnen et les forces impériales vaincues, Paul devient le maître de Dune, de l'épice et de l'univers - il est devenu l'Etre Suprême.